В соответствии с конституцией, принятой в 1821 году Учредительным собранием (г. Кукута), Боливар был избран президентом республики, а Сантандер – вице-президентом. Однако именно Сантандер стоял во главе правительства в Боготе, пока Боливар был занят войной с испанцами за освобождение Эквадора и Перу. В 1828 году, после того как война за независимость испанских колоний завершилась, Боливар лично возглавил исполнительную власть в Колумбии. Его попытки создать сильную центральную власть привели к ссоре и разрыву с Сантандером, который был вынужден покинуть страну. Началась активизация сепаратистского движения, приведшая в 1830 году к распаду Великой Колумбии.
После отделения Венесуэлы и Эквадора оставшаяся в одиночестве Колумбия долго не могла обрести желанного мира. В 1830 году, уже после смерти Боливара начинается целая череда конфликтов между стремящимися к власти лидерами. Эти разногласия зачастую приводят к вооруженным стычкам. Повсеместно возникают гражданские войны между конгломератами или приверженцами всевозможных политических течений: революция Овандо в (1839-41 гг.); революция Мело (1854 г.); стычка Москеры (1859-61 гг.); война с Эквадором (1876 г.); война 1884 года. За это время сменяются главы правительств, которые, стараясь угодить поддерживающим их кругам, меняют неоднократно конституцию страны, формы государственного и территориального правления, изменяют законодательство и даже название страны. Внутренние вооруженные конфликты также следуют друг за другом.
Всего в XIX веке на территории Колумбии произошло 50 стычек и 8 гражданских войн. Однако, в ходе событий принимаются некоторые новые законы, или изменяются уже существующие с целью хотя бы частично улучшить жизнь населения.